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德克萨斯大学共享大数据工具对抗癌症和传染病
德克萨斯大学(UT)西南部的科学家们创造了一种对抗癌症和传染病的强大分析武器，现在他们正在通过一个基于网络的门户网站免费提供这种工具。
开源VDJServer提供了一个数据管理框架和一套分析工具来研究位于一类称为淋巴细胞的白细胞表面的抗病受体的基因组成。为了识别致病病原体，一个功能良好的适应性免疫系统会产生数百万种不同的蛋白质作为细胞表面受体。这种蛋白质库被称为免疫库。
新的分析工具-可通过web门户访问-运行在高性能计算机上德克萨斯大学奥斯汀分校的德克萨斯高级计算中心德州大学西南医学中心(UT Southwestern Medical Center)临床科学副教授、项目核心软件开发团队负责人林赛·考威尔(Lindsay Cowell)博士说。
“一个人的适应性免疫系统在检测和应对大量不断变化的病原体和其他威胁方面的能力是非凡的。由于免疫系统的规模和多样性，这种反应是可能的，”Cowell说。
“VDJServer软件门户为目前缺乏这种访问权限的研究人员，特别是没有接受过生物信息学培训的实验科学家和临床研究人员，提供了在高性能计算环境中分析免疫库的复杂计算工具。”
该软件是在美国国家过敏症和传染病研究所的支持下开发的，它与研究各种疾病的科学家以及研究免疫系统发育和功能的基础科学研究人员息息相关。她补充说，近年来，随着免疫疗法被发明出来，通过增强免疫系统的反应来对抗各种癌症，该软件在癌症生物学上的应用有所增加。
VDJServer的想法始于西南大学的三位教员:Cowell;Nancy Monson博士，神经病学、神经治疗学和免疫学副教授;以及圣地亚哥J. Craig Venter研究所信息学主任Richard Scheuermann博士。他们与TACC的计算专家合作。
“当高通量测序成为一种广泛使用的技术时，将其应用于免疫库测序仍然很困难，”Cowell说。在过去的几年里，技术的进步使高通量测序应用于这一领域。
“我们认识到科学界需要计算工具来促进免疫库的分析，”Cowell说。
这个项目花了大约一年的时间进行案例分析和规划，又花了一年的时间进行基础设施开发，随后增加了功能并改进了web界面。她说，设计一个能够直观地吸引没有生物信息学背景的生物学家的门户网站证明是具有挑战性的。该项目于2016年底启动，但仍在不断改进。
她说，现在团队面临的挑战是规模设计算法，该算法可以增加所分析数据集的规模，甚至可以纳入新的计算方式。
今年夏天和秋天，Cowell和她的团队正在进行社区拓展和用户招募。这个项目,最近在TACC网站上展示，将成为9月份美国免疫学家协会免疫学大数据分析课程讨论的资源之一。
-资料来源:德克萨斯大学西南医学中心
来自五个州的患者信息现在可以在密歇根州获得
现在可以通过大湖健康连接(GLHC)实时获取州外患者信息。这种健康数据交换扩大了互操作性，并减少了中西部五个州的医疗服务提供者和居民的护理障碍。GLHC是最近启动的Heartland项目中的第一个健康信息交换(HIE)，它连接了参与该计划的所有其他HIE组织。作为国家协调员卫生与人类服务部(HHS)办公室和战略卫生信息交流协作组织赞助的一个试点项目，参与该项目的7个HHS正在创建和测试以患者为中心的数据之家概念，并在12个月的时间内分享HHS提供的资金。
在该项目的第一阶段，确定了家庭邮政编码位于密歇根州的患者，他们在其他医疗保健机构网络内的一家机构接受治疗。然后，该患者的入院、出院、转院(ADT)信息被发送到GLHC。ADT消息包含有关患者的基本人口统计信息以及各自入院、出院或转至/离开住院设施的详细信息。相反，当患者访问GLHC网络内的设施并且具有州外邮政编码时，则将ADT消息发送到相应的HIE。
GLHC从其他六个HIEs接收的信息存储在社区健康记录中，称为虚拟综合病历(VIPR)。ADT信息与GLHC参与者提供的关于患者的其他信息(如实验室结果、患者护理文档和其他遭遇信息)一起可用。这些消息在HIEs之间实时发送，并可供任何访问VIPR并与患者有治疗、支付或操作关系的组织/用户使用。在VIPR中可以访问800多万份患者记录。
GLHC的执行董事Doug Dietzman说:“大湖健康连接很自豪能够参与心脏地带项目，并为我们的参与者提供关于他们病人的实时信息。”“这种扩展的功能支持我们的目标，即减少医疗保健提供者之间和跨社区交换健康信息所需的时间和经济负担。”
GLHC现在连接到以下Heartland项目HIE参与者:
- 总部设在印第安纳波利斯的印第安纳健康信息交流中心;
- 总部设在印第安纳州布卢明顿的HealthLINC;
- 总部设在印第安纳州南本德的密歇根州健康信息网络;
- 设在辛辛那提的卫生合作组织;
- 东田纳西州健康信息网络，总部设在田纳西州诺克斯维尔;和
- 总部设在肯塔基州法兰克福的肯塔基健康信息交易所。
心脏地带项目的下一阶段是为GLHC参与者提供与患者在州外机构的护理相对应的护理连续性文件。另一项计划中的服务是，当密歇根州居民在州外机构寻求治疗时，向患者的提供者发送电子通知。
-资料来源:大湖健康联系
