3月2018

精准、有目的的医疗保健
作者:Dava Stewart
郑重声明
第三十卷第三页

一个卫生系统雄心勃勃的项目深入研究健康患者的遗传学。

精准医疗的前景在很大程度上取决于技术，这一点在遗传学领域表现得最为明显。本着这种精神，在宾夕法尼亚州和新泽西州Geisinger地区开展的MyCode社区健康倡议项目探索了如何将基因检测应用于初级保健。

虽然各种类型的基因检测已经有一段时间了，但MyCode计划是对大量健康人群进行DNA测序的首批努力之一。它也是将基因组筛查和咨询整合到常规医疗保健中的先驱。

作为这一广泛倡议的结果，正在研究实际执行测序的开发技术、存储结果的方法、临床可操作发现的决策支持工具以及许多其他因素。

到目前为止，已有超过18万名患者同意参与该计划。其目标是让盖辛格系统中的300多万人全部注册。当患者拜访他们的初级保健提供者时，他们被要求同意研究项目，目标是测序成为常规护理的一部分。

这个雄心勃勃的项目突出了改善格辛格病人个人健康和整个人口健康水平的机会，同时揭示了医疗保健基础设施方面的差距。

存储结果
一旦患者同意参与，将采集血液样本并进行全外显子组测序。美国医学遗传学和基因组学学院将59个基因归类为临床可操作基因，另外还有21个基因是盖辛格推荐的。如果在这80个基因中发现致病性或可能致病性变异，应通知患者和初级保健提供者。

绝大多数人类DNA都是相同的——个体之间只有0.1%到0.3%的差异。在这个百分比中，科学家们只了解许多可能的变化中的一小部分。这些在MyCode倡议的参数范围内被归类为临床可操作。

在盖辛格，整个外显子组测序的结果被分成三个文件。“你有原始结果的文件，然后是差异的文件，然后是我们理解的差异的文件，”Geisinger首席科学官办公室政策和教育主任、LGC安迪·福赛特(Andy Faucett)说。测序产生了大量的数据，其中科学家只了解一小部分，初级保健医生甚至更少。

原始的、未解释的数据存储在云中。包含遗传变异的文件由专家解释。如果存在临床可操作的变异，应通知初级保健提供者和患者。大约3.5%的样本显示出可预测的有害基因变异。

在这些情况下，在患者EHR的问题列表中添加一个符号。包含遗传变异及其相关条件的实验室报告被扫描成PDF格式，也存储在电子病历中。Geisinger目前正与Epic和Cerner合作开发一种更好、更实用的系统，将遗传信息整合到患者的电子病历中。

Faucett说，测序结果与其他任何问题或情况一样被处理。例如，心脏病发作和BRCA变异(乳腺癌易感基因)都被记录在EHR的问题列表中。

盖辛格基因组医学研究所主任马克·s·威廉姆斯博士说，盖辛格并不仅仅依赖PDF，因为“人们不太可能理解结果并采取适当的行动，所以我们有一个完整的结构，向医生和病人传递信息。”

可以说，MyCode计划凸显了业界在互操作性方面的挣扎。例如，尽管Geisinger服务的地理区域的人口比许多其他地方的人口更稳定，但已经测序的患者在试图将其基因数据转移到另一个卫生系统时面临重大障碍。

缺乏决策支持也是一个障碍。盖辛格基因组医学研究所(Geisinger Genomic Medicine Institute)的儿科遗传学家兼助理教授Nephi Walton医学博士表示，尽管该项目为初级保健提供者提供了更详细的患者数据，但如果某些变异能够触发自动决策支持，那将是理想的。例如，某些基因变异可以改变特定药物的代谢方式。当医生给有这些变异的病人开其中一种药时，如果自动触发决策支持将会很有帮助。

目前，这些信息以PDF格式保存在患者的电子病历中，医生必须手动定位。沃尔顿说，这些数据不能隐藏在电子病历中。“它必须是最重要的，”他说，“将它整合到电子病历中是至关重要的，五年后它将变得更加重要。”

Aaron Neinstein医学博士是内分泌学部门的助理教授，也是加州大学旧金山分校数字健康创新中心的临床信息学主任，他说糖尿病和其他疾病患者的情况也类似。“(来自基因检测的)信息需要被编入索引并无缝分层，”他说，并补充说临床医生必须能够简单地“点击”了解更多信息。

将结果返回给患者和提供者
当鉴定出80个临床可操作基因中的一个变异时，通过Geisinger的患者门户网站、电话或亲自与患者联系，然后有机会与遗传学家或遗传咨询师交谈，以了解更多有关测试结果的信息。初级保健提供者也会收到结果以及有关发现的其他信息。

有些患者不希望了解有关其结果的信息。Faucett说，在这些情况下，初级保健提供者对待这些人就像对待其他病人一样。以吸烟为例。“如果你看到一个病人是吸烟者，你每次见到他都要和他谈谈这个问题——即使他们告诉你他们还没有准备好戒烟，”Faucett说，并补充说，临床医生可能会在不同的阶段建议吸烟者和不吸烟者进行不同的测试。

同样，患有BRCA变异的患者患乳腺癌的风险更高，因此鼓励他们在更早的年龄接受乳房x光检查。“你推荐的东西会随着病人的一生而改变，但这将是医生会提到的事情之一，”Faucett说。

为了更容易地提供有关基因组结果的信息，Geisinger开发了一种具有独立交互界面的报告系统GenomeCOMPASS，以帮助患者和提供者破译结果。

很少有人具备解释基因检测结果的技能、知识和培训。然而，正如福奇特指出的那样，“如果病人做了核磁共振成像，初级保健医生不会解释它——放射科医生会。”

初级保健提供者可能会被信息淹没——大多数人更喜欢“及时”的信息，而不是接收大量与临床需求脱节的信息。为了帮助初级保健提供者只获得他们需要的数据，GenomeCOMPASS提供了情况说明书、视频课程，以及与盖辛格基因筛查和咨询团队的联系。“医生希望帮助病人遵循专家的建议，”Faucett说。

通过Geisinger患者门户网站访问的GenomeCOMPASS面向患者的一面，在用户中引起了极大的热情。沃尔顿说:“我们正在开创一种模式，对健康人群进行测序，以及如何处理由此产生的信息。”

MyCode计划正在帮助回答关于基因检测的两个重要问题:初级保健提供者是否可以使用基因检测结果来改善护理，以及当患者意识到基因变异时，结果是否得到改善?

由于这是同类项目中的第一个，盖辛格正在建立一个将基因检测纳入初级保健的模式。沃尔顿说:“要弄清楚如何获取所有数据、处理、决定归还哪些数据、如何归还，以及如何在有限的资源下完成这些工作，这不是一个容易的过程。”“我们正在发现的一件事，不仅仅是通过盖辛格，就是我们对基因变化的了解并不像我们想象的那么多。”

例如，专家认为基因变异会导致疾病的患者并非都遵循这一过程，这引发了有关更大规模基因检测的问题，这是盖辛格关注的一个问题。

在2017年12月发表的一篇论文中遗传咨询杂志Geisinger公司的研究人员检验了GenomeCOMPASS对患有未确诊的智力残疾、自闭症谱系障碍和/或异常儿童的家庭的有效性。这项研究比较了收到GenomeCOMPASS报告(干预组)的家庭和收到医学遗传学家总结信(常规护理组)的家庭。

虽然样本量很小，但有两个有趣的发现。首先，GenomeCOMPASS报告提高了患者家属的参与度和满意度。其次，研究人员发现，报告负面结果或不提供信息的结果是没有用的。

学习更多未知的东西
沃尔顿更喜欢“精准健康”这个词，而不是“精准医疗”，因为“我们正在利用测序数据来改善那些没有生病的人的长期健康状况。”随着大量健康人群被测序，MyCode项目将以前未被问及的问题带到了前台。

例如，该计划将有助于表明这种大规模测试是否具有成本效益，并为患者带来更好的结果。“我们需要知道我们所发现的变化的含义，”沃尔顿说，并补充说，“我们不希望人们在不知道它们将对临床产生影响的情况下采取不必要的措施或过度焦虑。”

“我的代码计划”最重要的方面之一是盖辛格正在建立的研究平台。Neinstein说，通过收集十年的基因图谱，该项目将为临床医生和研究人员提供将表现型与基因型相匹配的机会。“[MyCode]为跟踪疾病的发展提供了很大的力量，”他说。

这项研究之所以重要，原因有很多。沃尔顿举例说，基因检测可能会产生巨大影响，改变特定患者群体的管理方式，比如新生儿重症监护病房和患有神经系统疾病的患者。在某些情况下，付款人愿意支付大量昂贵的检测费用，但不愿支付测序费用。沃尔顿说:“我们可以真正消除价值数千美元的不必要的测试。”他补充说，MyCode计划正在建立一个证据体系，可能有助于证明基因测试的价值。

目前，疾病控制和预防中心推荐基因组学来改善三种一级疾病的公众健康:遗传性乳腺癌/卵巢癌综合征，Lynch综合征和家族性高胆固醇血症。Williams说，MyCode计划的研究人员已经了解到，大约一半可能具有遗传性乳腺癌/卵巢癌综合征致病标准的Geisinger患者未能达到检测指南的要求。换句话说，许多可以从筛查中受益的人没有得到推荐。威廉姆斯说:“我们估计，大约1%的人口会在这三种一级条件之一中有一种致病变异。”

虽然MyCode计划正在确定HIT的明确差距，但其研究平台正在帮助形成对基因检测的看法。使用该计划数据进行的临床试验和研究正在证明测序的影响，并提供科学证据来支持基因检测可以节省资金和改善患者预后的说法。

-达瓦·斯图尔特是田纳西州的自由撰稿人。